“Por orden de SM Carlos III, el 11 de junio de 1782, se empieza a construir La Bodega llamada del Real Cortijo. Diseñada por Marquet, arquitecto real, y construida por D. Manuel Serrano. El lagar tendrá 900 m2 en una nave neoclásica abovedada y la bodega subterránea una superficie de 2500 m2, recorrerá casi medio kilómetro de longitud bajo el pueblo del Real Cortijo de San Isidro. El presupuesto inicial asciende a 5.810.000 Reales.”
La Real Bodega de Carlos III fue mandada construir por dicho rey en 1782 para proveer de vino a la Casa Real.
La salida de las Cuevas es una monumental portada de piedra diseñada por el arquitecto real, Marquét y construida por D. Manuel Serrano.
Fue declarada Monumento Histórico- Artístico en 1983.
Situada a 4 Km de Aranjuez en el “Real Cortijo de San Isidro" fue adquirida junto con una finca; (llamada posteriormente del Rey); por el Rey Carlos III de España al terminar su reinado en Nápoles para convertir Aranjuez en un sitio rural modelo según los planteamientos del despotismo ilustrado siendo este Real sitio el más perfecto ejemplo de una agricultura verdaderamente real.
1766- Por Real Decreto de Carlos III, se funda la finca del Real Cortijo (llamada Finca del Rey) sobre restos del pueblo de Villafranca del siglo XII, para explotación agrícola modélica y despensa del Palacio de Aranjuez.
1782- Por Orden del 11 de Junio,se empieza a construir el lagar-bodega, diseñado por D.Manuel Serrano. El lagar tendrá 900 m2 en una nave y la bodega se hará subterránea,por debajo del pueblo con 2500 m2 y una longitud de casi medio kilómetro.
1783 a 1795- Funciona la bodega bajo el auspicio de los Reyes Carlos III y Carlos IV, proveyendo de vino y aceite a la Casa Real.
1795- Carlos IV cede la propiedad de la bodega a Godoy (Príncipe de la Paz) a cambio de las Huertas de la Moncloa, en el camino de Madrid a El Pardo.
1796- Godoy amplía la elaboración de la bodega con la fabricación de aguardiente.
1798- El 28 de febrero,la Corona recupera la bodega,dando a cambio a Godoy el Real Lago de Valencia, denominado "La Albufera"
1815- Dado el alto coste de mantenimiento, Fernando VII a rrienda a D.Pedro Somoza el Cortijo por 12 años, por 120.000 reales anuales.
1868- Bajo el reinado de Isabel II y tras más de cien años de ser propiedad real.la Corona vende al General Prim (Marqués de Castillejos) la bodega. Este intenta llevar un ramal de ferrocarril hasta ella,pero no lo logra.
1887- La Duquesa Viuda de Prim vende la propiedad al Marqués de Laguna. La bodega consigue unos "vinos exquisitos".
1888- José González, tinajero de Colmenar de Oreja regala dos tinajas únicas, una de 402 arrobas (la del Rey), y otra de 412 arrobas (la de la Reina), las cuales se colocan en la intersección de los ramales.
1920- Compra el Real Cortijo D. Jacinto Monzón.
1930- D. Silverio Fernández Ares adquiere la Bodega y la convierte en vaquería para 200 vacas.
1936- La Junta Militar Republicana la convierte en un centro de operaciones, construyendo un búnker dentro de la cueva.
1944- La finca y la bodega las adquiere el Instituto Nacional de Colonización. La vaquería se convierte en almacén de alfalfa, y posteriormente, en sala de cine.
1975- El IRYDA traspasa la propiedad de la bodega a la E.L.M. del Real Cortijo de san Isidro. Este la arrienda para criadero de champiñón,encalando la cueva y destruyendo tinajas y parte de suelos y paramentos.
1987- Se anula el arrendamiento anterior y la Comunidad de Madrid reconstruye la techumbre del lagar.
2000- La nueva sociedad arrendataria, "Cuevas del Real Cortijo de San Isidro,S.A." restaura la puerta, cuevas y lagar, y adapta de nuevo la bodega para su finalidad primitiva, la "elaboración y crianza de vinos"